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En 1972, había un estudiante llamado Misaki en la escuela Yomiyama, en la clase 3-3. Un estudiante honorario que también era bueno en los deportes, Misaki era muy popular entre sus compañeros, y también los maestros tenían afecto por el. Cuando murió repentinamente a causa de un incendio, la clase 3-3 decidió continuar actuando como si estuviese vivo. Sin embargo, cuando la foto de la graduación de la habitación estaba ocupada, que vieron en la imagen a alguien que no debería estar ahí - Misaki.
En la primavera de 1998, noveno año del estudiante, Kōichi Sasakibara, se traslada Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su madre, porque su padre había ido a trabajar en una investigacion de la India. Su traslado fue a la escuela Yomiyama de la clase 3-3. A causa de un neumotórax Kouichi tuvo que ser hospitalizado justo cuando comienzan las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase: Tomohiko Kazami, Izumi Akazawa y Yukari Sakuragi. Antes de ser puesto en libertad, Kouichi conoce a una chica en el ascensor, la cual lleva el mismo uniforme de su escuela y un parche en el ojo. Ella va al sótano del hospital donde se dirige al depósito de cadáveres, diciendo que tiene que entregar algo a su "otra mitad". Su nombre: Mei Misaki.
Kouichi finalmente llega a asistir a las clases y trata de adaptarse, pero no puede dejar de notar el extraño comportamiento de sus compañeros. Mei, la chica que conoció en el hospital pertenece a la misma clase, pero la mesa utiliza es bastante mas vieja y diferente al del resto la clase. Ella siempre está solo y nadie parece preocuparse por su presencia o tratar de hablar con ella. Inicialmente, Kouichi cree que es un caso de acoso escolar, pero se da cuenta de que incluso los empleados y profesores de la escuela actúan de la misma manera. El ambiente algo aterrador en su nueva clase, parece tener un oscuro secreto que ninguno de sus compañeros de clase quiere hablar. En el centro de esto parece encuentrase la misteriosa Mei Misaki.